上证所称，由于港股通交易为港币报价、人民币结算，而境内券商对投资者实施前端控制，投资者交易前须事先全额缴纳相关资金，故港股通业务中需事先设定参考汇率，主要用于券商交易前端预冻结资金，而非用于实际结算。为避免当日汇率波动给市场带来的结算风险，其取值范围覆盖了历史上的最大单日波动范围，目前其取值为T-1日末离岸市场港币对人民币即时中间价的±3%。
而上证所公布的数据显示，首日实际结算汇兑比率则为买入0.79143跟卖出0.79017，并未出现巨大价差。
香港汇业证券策略分析师岑智勇称，内地投资者买卖港股通标的，买卖都要经过汇率兑换的程序，而其中的差价不低，增加了投资者的投资成本，出现“未见官先打三十大板”的情况，降低了投资者“南下”的兴趣。
然而，不少业内人士认为，上证所公布的买卖兑换价差在0.16%左右，对于中长期持股不动的投资者来说，是完全可以接受的范围。
相比之下，由于沪股通用人民币结算，在香港买入A股只需投资者拥有离岸人民币即可，兑换主要参照香港财资市场公会公布的人民币兑港元离岸汇率，买卖股票过程中并没有兑换成本。此外，多家香港银行和券商都开出了初期“零佣金”的优惠条件争夺客户，这都使得香港投资者买卖A股成本远低于内地投资者买卖港股的成本。
就港股通交易佣金而言，各大券商都有不同的标准，国金证券推出了比A股交易还要低的万分之一点五，平安证券也推出了万分之三的港股佣金；不过据本报记者了解，不少券商的港股通交易佣金还是高于A股，华南某知名券商营业部人士就称，港股通交易佣金可以在万分之八，而A股最低可以调到万分之三。
印花税税率方面，尽管内地和香港都是千分之一，但对港股投资者而言，“买卖双方均须缴付”，又是一大成本，而内地A股只需卖方交付。资深投资银行家温天纳对此认为，印花税对所有投资者一视同仁，应该不会影响投资价值及投资意愿，并不影响市场中长线价值，很多国家和地区都有着双边征收的情况。
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