特侦组设置于“最高法院检察署”之中，由“检察总长”指挥，配置6名以上15名以下的检察官，并由“检察总长”指定其中一名检察官为主任。台湾地区的检察制度中，各级法院配置检察署，各检察署的检察官限于在各所属法院行使职权。特侦组办案不受辖区的限制，可以在全台湾办案，可以行使各审级检察官的职权，亦即一、二、三审级检察官所能执行的职权都能执行。
根据职能的划分，台湾地区的检察官通常分为侦查检察官和公诉检察官，前者专责侦查和起诉，后者则专责莅庭。特侦组检察官可行使各种职能，如实施侦查、提起公诉、实行公诉、指挥刑事裁判之执行，对所侦办的案件直接可以用特侦组的名义提起公诉，且直接由特侦组检察官到法庭出席辩论。
特侦组位高权重，又具有高度政治特性，为防止特侦组办案滥权，台“法院组织法”又特别规定：特侦组侦办的第一、第二种案件，在侦查终结后，“立法院”可以决议要求“检察总长”到“立法院”报告并接受质询。因此，关说风波之后，黄世铭被多次要求到“立法院”接受质询。
