二、两岸走向经济一体化的障碍与症结
经过近3年的努力，两岸间已经初步形成了大交流、大合作、大发展的格局，但也进入了知易行难的阶段，虽然有着光明的发展前景，但经济合作的每一步进程却开始充满了艰险与挑战，原来设想可以顺利推动的工作往往需要花费更多的磨合时间与精力，其中的困难度主要表现在：
首先，两岸对未来发展的前景出现了歧异。大陆自开始即非常明确签署两岸经济合作框架协议只是开始，其方向应是建立两岸自由贸易区，实现两岸经济一体化。而台湾岛内则对此一直存在很大分歧，台湾当局在两岸洽签经济合作框架协议时，就已逐渐有意识地将目标模糊化，采取了可称为是“摸着石头过河”的做法，即不提未来目标，只着重强调每次的谈判立场与阶段性的利益争取。这种做法因为大陆在谈判前期采取了“让利”的做法，而未造成实质性的阻碍，但在谈判进入实质性阶段的后续协商时，就开始产生问题。岛内一些媒体就直接建议应在两岸谈判中摒弃所谓的“两岸特色”，即大陆单方让利的做法，使两岸谈判前景尽早明确，从而可以整体规划，推动谈判尽早走出胶着期。
其次，两岸对产业发展的未来定位出现矛盾与冲突。过去30年中，两岸基本形成了台湾提供资金、技术与管理，大陆保证土地、劳动力及周边基础建设，共同参与全球产业链，台湾在资本帐上的逆差由贸易帐上的顺差补足，这种经济上的相互需要使得两岸间虽然在政治上曾经长期陷入僵局，但在经贸关系上却始终运作顺畅，形成了特殊的“政冷经热”的局面。2009年爆发的国际金融海啸彻底改变了这一格局，一方面，国际市场的再扩充能量已经基本到顶，另一方面，两岸原有的资源优势发生了动摇：大陆的土地劳力资源再开发的空间日益收窄，而台湾在资金、技术等的优势也正因大陆的迅猛发展而逐渐被拉平，这就使得两岸对未来产业发展的定位出现了矛盾与冲突，一方面大陆在未来产业发展目标中强调战略性新兴产业，计划开发的技术层次基本与台湾下一步支柱产业目标处在一个水平上，岛内已有人开始担心两岸即将进入“竞争大于合作”的时代。在这种情况下，两岸产业合作势必要找到新的合作基础才可能展开真心合作。
第三，由于对两岸关系存在不同的定位，两岸对处理相互关系时要不要引进国际仲裁的看法截然不同。这种立场上的差异本质上是因为两岸政治上的分歧与对立仍未消除，但具体而言，也是因为对两岸虽同是WTO成员，但究竟是不是可以特殊方式处理相互关系仍有分歧，实际上可以看成是第一个分歧的衍伸。在大陆看来，即使同为WTO成员，两岸签署经济合作框架协议就已经标志着两岸结成了一种特殊的关系，即超越了WTO一般成员的关系，这是基于相互的信任才缔结的关系，因此完全可以通过相互仲裁或交付双方权威机构联合仲裁的方式解决今后彼此间可能出现的争端，而台湾方面对此则仍有很大的顾虑。因为受困于岛内绿营势力的频繁质疑，台湾当局对国际仲裁始终抱有幻想，这就为两岸相关谈判平添了许多变数。从前年底租税协定，去年底投资保护协议的延签到目前正在进行的争端解决机制谈判，都可清楚地看到这一分歧所造成的阻力。
归结起来，两岸经济合作由理论上充满美好前景到目前的知易行难，症结就在于两岸除在政治上缺乏足够的互信与共识外，对未来彼此的定位与方向仍未明确共同的交集点，合作的基础发生了动摇。大陆开始寻求实际赶超西方世界的经济可能性，而台湾则在筹划继续紧跟西方产业升级的步伐，这就使得大陆未来发展已经开始挤压台湾未来发展的空间，而台湾则在大陆快速经济发展中迷失了对自己优势的自信心。但这种思考实际上是因为忽视了两岸已经出现的大交流、大合作局面所可能提供的良好条件。两岸应该共同认识到在经济发展水平上，台湾依然高于大陆，大陆完全可以通过利用台湾的优势达到发展效益的最优化。同样，台湾也完全可以借由大陆经济发展推动自己经济的再升级。如此的定位下，两岸应转而将相互的经济合作作为促进其经济转型与升级的助推器，大陆可以建立完整的产业链，打开内需市场，台湾则可以拓展销路，不仅向上提高自己在全球产业链中的位置，也可促进岛内资源的优化配置，实现经济与民众福利的双增长。
