在反抗巴列维的斗争中，MEK与霍梅尼领导的什叶派宗教组织一度结盟。可是当1979年伊朗伊斯兰革命胜利，霍梅尼掌握政权后，数千名MEK成员被捕和被杀。1981年6月20日，MEK举行示威，却遭到严厉镇压。同年6月28日，一颗炸弹在伊朗政府大楼门口引爆，导致70名高级官员遇难。8月30日，伊朗新当选总统拉贾伊和总理巴霍纳尔也被炸身亡，MEK成员克什米里被证实是爆炸案主犯。
随着两伊战争的爆发，霍梅尼把注意力转到同萨达姆作战，边界管制松懈，MEK骨干成员纷纷流亡法国，这使得伊朗和法国关系恶化。1986年，法国总理希拉克同伊朗做了一笔交易——德黑兰帮助被黎巴嫩真主党扣押的法国人质获释，希拉克则迫使MEK总部迁出法国。随后，MEK于1986年将总部迁往伊拉克，得到萨达姆的庇护。
据美国国务院的文件显示，直到2003年萨达姆倒台前，MEK一直都接受伊拉克的财政和军事援助。到1988年两伊战争即将结束之际，MEK已拥有7000名武装人员，自称是“伊朗民族解放军”(NLA)，武器由伊拉克提供。
美军走了，他们怎么办？
两伊战争结束后，MEK继续与萨达姆合作。1991年海湾战争结束后，萨达姆政权被严重削弱，伊拉克国内的库尔德人和什叶派趁机起事，MEK协助伊拉克共和国卫队进行镇压。20世纪90年代，MEK成员多次渗透到伊朗境内实施暗杀，许多伊朗官员被害，其中包括陆军准将阿里·萨亚德·希拉兹。
2003年英美联军攻入伊拉克后，MEK的阿什拉夫营地也遭到轰炸，华盛顿认为该组织是萨达姆的重要支柱。4月15日，美军同MEK达成停火协定：MEK放下武器，美军不将他们遣返伊朗，允许他们自主管理营地，并为其提供后勤支援。随后，3800名MEK战斗人员投降，美军缴获2000余件武器(包括19辆坦克)。这件事引起美国舆论哗然，因为MEK早就被美国政府认定为“恐怖组织”，而美军同“恐怖组织”握手言欢更让人不齿。
其实美军收留MEK是有企图的，MEK将伊朗核计划细节透露给美军，并警告说伊朗正加快研制核武器。鉴于MEK的威胁，伊朗曾想同美国达成妥协，即伊朗撤消对哈马斯和真主党的支持，并向西方国家开放核设施，以换取美军取缔MEK，但这一谈判最终未果。
随着伊拉克政权逐渐被亲伊朗的什叶派势力控制，MEK在伊拉克的日子也开始不好过了。2009年元旦，美军将阿什拉夫营地管理权移交给伊拉克政府，就在同一天，伊拉克总理马利基宣布不允许MEK利用伊拉克土地从事反伊朗活动。1月23日，伊拉克国家安全顾问鲁巴伊访问德黑兰，重申了马利基总理的态度。7月29日，伊拉克军队向迪亚拉省的MEK成员开火，8名MEK成员被打死，由于美军干预，才使MEK武装免于被围歼。事实上，美国很清楚，MEK的目标是推翻伊朗现政权，美国需要这样的同盟者。(王环)
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