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当选后，羽翼未丰的他表面上十分“尊李”，在人事安排、政策路线等方面给足了李登辉面子：陈水扁选拔的“外交部长”田弘茂、“陆委会主委”蔡英文和“国防部长”汤曜明等，都是李登辉的爱将；而在大政方针上，陈水扁也坚持李登辉的“戒急用忍”大陆政策。李登辉以“台独教父”自诩，而陈水扁也以“台湾之子”自居，两人在政治理念上形成“父子”关系。
李登辉、曾文惠夫妇的独子李宪文壮年早逝，一直是夫妇俩多年来的隐痛。2001年扁登门拜会李。当扁得知自己与李宪文同年，便主动向曾文惠说：“你们可以把我当作自己的儿子。”李登辉夫妇听后相当感动。李登辉特别号召国民党本土势力，另组台联党为扁“巩固政权”。2004年台湾地区领导人选举时，在民进党组织的“牵手护台湾”的造势活动中，已81岁高龄的李登辉卖力为扁辅选，大大拉抬扁连任选情。
