俄军初始改革方案是赋予军区司令部以战役-战略司令部的职能，组建联合军事指挥机构，但未能成功，主要原因是当时没有对总参谋部进行改革，军区司令部得不到指挥权限。
2004年，俄军解除了总参谋部的大部分军事行政职能，只保留判断军事威胁、研究武装力量使用、制定战略与作战计划、组织军事演习等与作战有关的职能，将作战指挥权下放，由国防部长对武装力量实现“一长制”领导。
2005年，俄军按地区和职能筹建作战司令部，将军兵种司令部、军区和海军舰队的作战指挥权移交给地区司令部和职能司令部。军兵种司令部只负责管理、装备和训练，军区和海军舰队只承担预备役训练、动员与物资准备、领土防御与战场建设等任务。
地区司令部平时就拥有对军区辖区内各军兵种部队的指挥权，战时无需调整就可以指挥本战略方向上的作战行动。此前，军区虽然具有地区司令部的大部分职能，但仍承担着过多的军事行政职能，且只对辖区内的陆军部队拥有作战指挥权，若要指挥其他军兵种部队，仍须通过军兵种司令部和总参谋部协调。
这样，最终将形成“总统-国防部长（通过总参谋部）-作战司令部”的作战指挥体制以及“总统-国防部长-军兵种司令部”的行政管理体制，真正做到军令军政分开。
职能司令部包括战略核力量、空天防御、机动力量和战略投送司令部等。地区司令部包括西部、南部和东部等3个。
俄国防部首先就东部地区司令部进行试点，相继举行了“贝加尔-2006”、“东方-2007”、“地区-2007”、“阿穆尔”等大规模联合军事演习，检验和评估从军区制向跨军兵种联合司令部指挥体制转变的效果和可行性。
