虽然台湾军方一直大肆宣扬“雄风-2E”巡航导弹的先进性能，但据海峡两岸以及国外的军事专家观察，“雄风-2E”仍然还有很多技术问题没有解决。
动力系统基础弱
有评论认为，“雄风-2E”的推动装置还需要改进。目前，“雄风-2E”采用的是小型涡轮喷气发动机，而巡航导弹对发动机的推进动力、稳定性、精密程度等技术性能都要求比较高。以台湾现有的科技实力，开发出自制的精密的涡轮喷气发动机难度较大，要满足需求只能外购。而在战时封锁阶段，这就成为“雄风-2E”的死穴。
定位系统精度有限
“雄风-2E”的卫星定位系统依赖于人。一贯“时髦”的台湾军队称“雄风2E”导弹还采用了先进的全球定位系统制导，然而目前，台湾还没有全球定位卫星，对“雄风-2E”导弹的定位只能仰赖美国GPS系统。
受政治敏感所限，美国不会同意向台湾开放军用GPS的定位精度，只能提供商业级别的GPS精度。为了给“雄风-2E”打气，台湾媒体竟然还称使用了俄罗斯GLONASS定位系统，明显是一种炒作行为。尽管在陈水扁时期，台湾军方大肆鼓吹“雄风-2E”导弹精准度完全可以得到保证，但由于定位系统平时受商规所限，战时受多种条件制约，精度不佳在所难免，加之导弹在飞行途中必须通过多个参考点修正航线，因而在飞行过程中必须通过数位地图和地貌比对辨识系统才能修正飞行偏差，如果定位系统不够精准，将使导弹的内置寻址软件很难发挥作用。
终端制导难辨伪装
惯性导航暨全球定位系统只能保证让导弹准确地飞抵目标区上空，要想让“雄风-2E”导弹在最后攻击阶段，精确锁定预设高价值目标，则关键是看命中目标之前的终端导引头部分。而对地攻击巡航导弹导引头技术一向是台湾科研部门的“软肋”。即便是像台湾军方所称，已经将未来可能攻击目标的外观影像，内建在“雄风-2Ｅ”的弹载处理器内，以便于发动攻击之前进行最终比对。但面对大陆的电磁干扰，以及对重要目标的适当伪装，导弹任务电脑内的数据则很难与目标信息相匹配。
四、“雄风-2E”能否实现量产
巡航导弹是一种用途广泛、通用性好、作战效能较高的先进武器。携带常规弹头的巡航导弹可以摧毁坚固的地面目标，也能用子母弹杀伤和摧毁面状目标。
台军的“雄风-2E”量产预算虽然解冻，但是距离真正投产实际还有很远的路要走。核心就是诸如导弹发动机、复合材料、导引头等“关键性零部件”。在美国刚宣布冻结对台120亿美元军售的情况下，很难在短期内向台湾提供这些零部件。
此前有消息说，台湾“中科院”称，要向俄罗斯购买这些组件，但是俄罗斯从未和台湾进行过军事技术的合作，恐怕这只是台湾一厢情愿的幻想。
