岛内媒体报道，李登辉不满黄昆辉炒股亏空李连基金会，有意与台联党划清界线。但亲近李人士透露，李登辉与台联党的关系，早在二○○八年选后就已生变，四年来更持续恶化；去年七月以后，李登辉甚至从未出席任何一场台联党公开活动。该人士指出，李登辉近年认为，自己不应过度沾染政党色彩，以维持高度，再加上对台联党表现非常失望，才决心放手让台联党“走自己的路”。
据中国时报报道，去年七月的募款餐会，是李登辉最后一次在台联党的公开活动中现身。熟悉内情人士透露，若不是要将蔡英文介绍给支持者，李登辉根本不愿出席这场餐会，“李站的其实是蔡英文的台”。去年选前也适逢台联党十周年党庆，台联党事前对外宣布，大病初癒的李登辉将出席党庆，但活动当天李登辉并未现身，黄昆辉代为宣读李登辉贺词，黄昆辉当时表示，李登辉是因身体状况不佳，临时无法出席。但亲李人士却表示，李登辉事前从未答应出席活动，也不知贺词从何而来。
台联党人士指出，二○○七年台联党逐渐走下坡时，李找来黄接任台联党主席，原对他寄予厚望。然而，二○○八年“立委”选举，黄昆辉多次对李登辉保证选情乐观，事后却以惨败收场，已让李登辉颇有微词。前年“五都”选举，黄昆辉不顾李登辉意愿，多次要求李放下身段为议员候选人站台，最后却仍全军覆没，更让李登辉大为光火。
导致两人决裂的导火线是在“五都”败选后，黄昆辉主动求见李登辉表达辞意，李登辉也积极替台联党物色继任党主席人选。没想到人都找到了，黄昆辉却又说不辞了，让李登辉自认被摆了一道，更不愿光环继续被台联党消耗，再也不愿过问党务。
知情人士也透露，黄昆辉不但与李登辉疏远，就连他一手安排的台联党“立委”，也经常与他发生摩擦。据了解，一位民进党“立委”为经营基层，有意与台联党“立委”在云林成立联合服务处，此举却引发与黄昆辉友好的蓝军派系势力不满，计划因此中断，此显示黄昆辉以自己人脉网络介入台联党运作。
亲李人士透露，由于李黄关系破裂，台联党内部也分裂为李、黄两派，纷扰不断。
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