马英九称,“中华民国”政府在1992年即宣告对于大陆地区主张“宪法”上的主权,但是已经没有实际上的治权。在“中华民国宪法”架构之下,两岸关系并不是“国与国”的关系,而是一种特殊的关系,传统国际公法的承认制度,不适用于两岸关系,所以“我们无法也不会承认中国大陆的主权,但是我们不应也不会否认大陆当局在大陆有效实行治权的事实”。
马英九又称,“互不承认”、“互不否认”涵意,就是两岸互不承认对方的“主权”,但互不否认对方的治权。两岸双方因为“主权”主张相互重迭,皆涵盖彼此全部的领域,因此无法相互承认“主权”,但互不否认对方的治权,则是务实的承认现状,“否则,两岸如何谈判,并且如何签订15项具有约束力的协议?”
他强调,唯有“互不否认”,才能够继续促进两岸关系继续保持和平发展。“互不承认”、“互不否认”,是对两岸现状最好的解释,也是正视现实、搁置争议、促进和平最好的方法。