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4月
1日，为因应“精进案”第二阶段“航空气象联队统整案”，在“资源集中、资源共享”原则下，空军气象联队纳编陆、海军航空气象等部队。
7日，“国防部副部长”柯承亨表示，鐽震公司是民间公司，与军购案及台法交流无关。
15日，由3艘台海军军舰组成的“2008敦睦支队”抵达中美洲国家尼加拉瓜进行访问。这是“敦睦支队”远航训练中的一站，也是台湾当局每年搞“军舰外交”的重要内容。
16日，“台军战时最高指挥中心”圆山指挥所举行竣工揭牌仪式。代号“圆新项目”的整修工程历时3年，花费6.5亿元新台币(约合1.625亿元人民币)。圆山指挥所实际上并非建造一个全新的战时指挥中枢，而是在原有衡山指挥所战情中心基础上进行的扩建装修工程。
17日，陈水扁任内最后一次“玉山兵推”在圆山指挥所进行预演，剧本是模拟解放军对台湾发动攻击，陈水扁遇刺，吕秀莲紧急接任，指挥“三军作战”。
22日至27日，台湾当局和军方举行陈水扁启动任内最后一次“玉山”军政联合演习。
24日，据台“军事新闻通讯社”报道，为了解女性官兵当前身心状况与对服役的心理意向，台“国防部”联勤司令部特别运用台军网站，开设提供专属女性官兵私密交流互动网页——“女性园地”专栏，以强化个人情绪管理与压力纾解等知能与技巧，希望借此消弭危安因素。
5月
1日，因应物价上涨，台“国防部”将义务役官兵主副食费，由每人每月868元调增至990元新台币。
6日，针对南沙太平岛航行一事，国民党“立委”帅化民表示，航行南沙有两个层次的意义：一是让飞机驾驶员熟悉这条航线，这属于战术层次；二是宣示“国家主权”，这属于战略层次。
9日，驻守台东知本的台湾“陆军飞弹连”官兵，在台东太平营区实施射击打靶训练时发生意外，1名志愿役中士蔡学良在清枪时被流弹误击身亡。
14日，陈水扁当局颁布的2008年版“国防报告书”明确指出，“有效吓阻、防卫固守”为台军防卫作战的战略构想，台军将依据“迟滞敌军攻势、削弱敌军战力”指导思想，持续建立“战术性岸置火力制压飞弹”、“多元化制压武器”，组建具备远距、精准打击能力的制压作战战力，遂行对敌军作战兵力的重点打击，达成“源头制压、滞敌攻势”的使命。
20日，马英九宣誓就职，台“国防部”表示，在“马总统”宣誓就职后，即秉持依法行政、“军队国家化”原则，更换台军各单位的“总统玉照”。
21日，林镇夷上将续任台“国防部副部长”。
27日，为建立全民防卫机制，强化战时应变纾困及灾害抢救能力，台军“花东防卫指挥部”举行2008年第二作战区“万安31号”演习兵棋推演，分别针对“动员令发布”、“重要目标防护”及“民、物力支持军事作战”等推演课目，验证作战区应急作战指挥机制，在平、战时动员机制转换能力，以及民、物力征用与部队战备训练成果，并藉此发掘问题与强化协调，进而发挥全民防卫总体力量。
30日，台“行政院长”刘兆玄在“施政报告”中强调，将与大陆协商建立军事互信及签署和平协议。
6月
1日，“后备司令部司令”余连发上将调任“总统府战略顾问”。
2日，“国防部长”陈肇敏认为，大陆撤导弹只是政治上的效益，在军事上没有任何意义，因为导弹是可以机动调整的。
2日，台空军通信航管信息联队（简称“通航资联队”）组建60周年，该联队所属计有台北通资大队以及10个中队，各中队配属于全台各空军基地，担任全台各地空军战斗部队最重要通资情支持任务。
3日，台“国防部长”陈肇敏在“立法院”进行业务报告时表示，台“国防部”已制定关于建立两岸军事互信机制的政策纲领草案并在继续修订之中，未来将分近、中、远程三阶段逐步建立两岸军事互信机制：近程目标，实现两岸非官方接触，优先解决事务性问题；中程目标，推动官方接触，建立沟通机制，降低敌意，防止误判；远程目标，签订两岸和平协议，确保两岸永久和平。此一草案被外界视为马英九“政府”推动建立两岸军事互信机制的政策性宣示。
7日，台军位于金门泰武山脚下“擎天水库”附近的弹药库突然起火燃烧。
10日，“国防部长”陈肇敏在“立法院”答询时表示，因应两岸两会6月12日复谈，原订6月13日在金门举行的“联信”实弹射击演习将取消；陈肇敏还明确表示，由于两岸关系形势缓和，将重新检讨对美军购案。
10日，台湾“海巡署”特勤队在桃园海湖训练基地举行反恐演习，项目包括有各式特种武器战斗射击、海上反恐攻坚及水上救生救难等项目。
14日，“国防部”同意派出海军最大、最强的纪德舰搭载 “立委”前往钓鱼岛“宣示主权”。
17日，陆军官校（即原黄埔军校）建校84周年校庆，马英九亲自主持校庆大会和餐会，并与全体黄埔师生高唱一度被陈水扁当局禁唱的黄埔校歌。
18日，马英九就职后首次接受美国媒体专访时表示，大陆应首先撤除针对台湾的导弹，两岸才能进行和平谈判。
21日，台“国防部”军事新闻网声称，解放军日前在福建沿海进行了“卫士-2”新型远程火箭炮作战演习，“卫士-2”是目前解放军口径最大、射程最远且具有末端制导的火箭炮，可配备高爆弹、燃烧弹、钻地弹和子母弹等，若将其部署在福建沿海射程可覆盖台湾全岛。
23日至27日，台军展开“汉光24号”演习第一阶段“电脑兵棋推演”，假想2009年“解放军突袭台湾”，重点推演“台湾本岛防卫”，验证常备与后备部队“防卫固守”能力。第二阶段“实兵验证演练”于9月份进行。
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