20年来，学院坚守着自己的传统和特色，在教学模式、管理体制，尤其是在学科和专业建设、课程体系改革、教材建设等方面作了大量有益的探索，为今后藏医药高等教育事业的发展奠定了坚实的基础。
专业设置逐步合理。鉴于藏医药学有其独特的理论、临床体系以及传统教学手段等各方面的特殊性，学院结合办学经验，在继承和发展的基础上，开拓创新，积极探索，努力构建传统与现代相结合的藏医药现代高等教育体系。1998年以前，学院根据西藏医疗的实际，实行传统的通科型人才培养模式，培养以藏医专业为主体，藏药、藏医护理兼通的高级人才。之后，根据西藏藏医药卫生事业和社会经济发展的需要，学院积极调整专业结构，对藏医和藏药两大主体专业实施分离，分别形成了以藏医、天文星算（大专）、藏医护理（大专）为方向的藏医系和以藏药、藏药营销为方向的藏药系。根据2007年教育部实施的对西部高校对口支援“质量工程”的要求，学院高度重视特色专业点的建设，“藏医学”已成为国家特色专业建设点，“藏药学”为西藏自治区特色专业建设点。这使学院的专业建设更加合理、更加科学。同时，为了改革教学理念，探索培养模式，创新管理机制，提高人才培养质量，也为了满足国家对社会紧缺的复合型和应用型人才的需要，学院还积极承担了“构建传统与现代相结合的藏医药现代高等教育体系与人才培养模式实验区”项目建设。
教材规划日趋规范。教材建设是教学改革的重要组成部分。为了改变以单一的《四部医典》为教材的局面，1990年学院组织编写了全国第一套共24本藏医本科现代教学专用教材；1993年又组织编写了全国第一部《藏医专业本科教学大纲》，填补了历史的空白。从1997年开始，在著名藏医药大师措如·才郎的亲自指导下，学院组织编写了藏医药权威性注释《四部医典·大详解》。2004年完成编写的全国第一套藏药专业本科教材，2007年被国家中医药管理局立项为“21世纪藏药专业本科规划教材”。目前，教材建设实现了整体优化，得到了藏医药界的高度认可和赞赏。
特色学科日益突显。特色学科是学院发展的根本。在现代化教学改革中，学院十分重视特色学科的建设，目前有国家中医药管理局重点学科：藏药（生药）学和自治区级重点学科：民族医药学（藏医基础理论）、中药学（藏药学）。在以特色学科为依托的精品课程建设已成为教学中的一道亮丽风景线。现有自治区级精品课程7门。同时，学院还承担了国家中医药管理局的“面向21世纪藏医本科专业教学内容和课程体系改革研究”项目和自治区“藏医本科教学内容和课程体系改革研究”项目，从而全面把握了学科发展的前沿，有力地推动了藏医药学科体系的科学发展。
教学方式逐渐科学。学院用扬弃的态度对待传统的教学方式，在继承优秀的传统教学方式的基础上，积极吸纳现代教学方法。对医典要义记诵、野外采认药实习、师徒传承等众多传统特色教学方式学院予以继承和发展，保留了学院自身的特色。在此基础上，学院积极探索现代教学方式和教学方法，充分调动学生学习的主动性和积极性；同时，充分借鉴和运用现代教学手段，推广多媒体技术、网络技术等手段，促进教学方式的现代化。尤其是在“质量工程”的总体安排下，学院数字化教室的建设，为实现校园的现代化、信息化和数字化提供了保障。
实践教学日趋完善。实践教学是培养学生操作能力和动手能力的关键性教学手段。学院非常重视传统与现代相结合实验室的建设。现在拥有省部级以上科研平台4个，分别为中央与地方共建的藏医学基础实验室和藏药学基础实验室、教育部省部共建的藏医药重点实验室、科技部省部共建的藏医药与高原生物重点实验室；中央与地方共建的高校特色优势学科实验室建设项目4个，即藏药新药实验室、藏医临床实验室、藏药种植实验室和传统藏药炮制工艺实验室。学院还拥有1所专家门诊、1个藏药厂、2个采药认药基地、5个教学医院、1个非直属附属医院、1个非直属教学药厂等重要教学实习基地。这些实验室的建成和实习基地的完善从根本上满足了藏医药现代化教育的需要，使学院逐步与国内外高等教育接轨，教学走上了规范化、科学化的道路。
