台湾高等教育最早可以追溯到17世纪的“太学”。现代意义上的高等教育则始于日本统治时期。1946年，日本殖民政府在台湾设立1所帝国大学（即今台湾大学前身）及3所独立学院。当时高等教育学生近3000人，教师60余人。
国民党败退台湾后，日本人建立的一些大学经过改制得到发展，大陆一些知名大学如清华大学、交通大学与中央大学等也在台相继复校，同时新建了不少高等学校，使台湾的高等教育得以发展。到1988年，台湾有39年大学和独立学院，其中有13所综合大学，6所理工科学院，6所医学院与12所师范学校，1所艺术学院与1所体育学院。90年代以来，由于教育政策的大幅调整与开放，台湾许多专科技术学校改制为大学或学院，使得台湾的高等教育迅速发展。
目前高等教育分为专科学校、独立学院及大学与院校研究所。正规高等学校的学制一般为4年，但师范、法律和建筑系为5年，医学系为6-7年。高等院校研究所招收硕士与博士研究生。专科以上学校大部分设有夜间部，学生以在职青年为主，学习年限较日间部多一年。日间与夜间部均采用学分制。到2000年学年度，台湾有大学53所，独立学院74所，专科学校23所，合计150所（公立53所，私立97所），3925个科系；在校学生10.9万人，教师4.3万人；研究所达到1410个。
台湾当局对高等教育不断进行调整与改革。首先是大学招考制度有重大变革。1953年开始，台湾实施大学联合招考制度。1989年，台湾成立“大学考试中心”，研究改革联合招考制度，并于1992年提出多元入学方案，1994年试办推荐甄选，1997年试办申请入学，不再公布各系组的最低录取原始分数。2001年，台湾高考制度进行重大改革，采行“考招分离”的“多元入学方案”，即“甄选入学制”与“考试分发制”双轨并行，前者占招生比例的六成左右，后者占四成左右。主要内容是：一是“考招分离”。大学入学考试中心专门负责命题研究、学科能力测验与指定科目考试等，而招生业务则由“联合分发委员会”负责。“甄选入学制”包括推荐甄选、申请入学和各类资优保送等多种升学方式，由各大学校系自行决定招生方式。“考试分发制”分为甲、乙、丙等三种方案，其中甲、乙两种方案为两阶段式考试，第一阶段为学科能力测试，第二阶段为各大学指定科目考试。丙案则只要参加指定科目考试即可，也就是联考。为配合2002学年度起的多元入学方案，全面停办大学先修制度。这一改革方案，较为复杂，引起社会的极大争议。这一改革后，台湾的高考升学率大幅提升，从此前的约60%上升为2003学年度的110%。
为加快高等教育的发展，台湾“教育部”于2001年8月公布首部《大学教育政策白皮书》，提出多项重大高等教育发展计划。主要包括在两年内开放大学学年制与学季制并行，缩短现行学士4年、硕生生1至4年、博士生2至7年的修学年限，五年内设立10所以内的重点型大学与研究型大学，10年内完成25岁以上成人在具备一定条件后免学历入大学的目标。
为适应科技与经济发展的变化，台湾开始大力发展研究型大学，加强高等教育的基础研究。在台湾当局的政策鼓励下，台湾许多大学逐渐规划发展为“研究型大学”，增加研究所硕士与博士生人数。2001年8月，台湾“教育部”选出台湾大学、交通大学、清华大学、成功大学、阳明大学、中央大学、中山大学、台湾科技大学与政治大学等9所大学，提供7.2亿元，用以提高研究所基础教育，推动校际与国际合作，及推动研究生学习国际化。2001年，台湾一般大学研究所硕士与博士班招生名额达到27043人。台湾大学与中央大学研究生比率均已占学生总数的36%，计划未来达到50%；政治大学也减少本科学生人数，增加研究生比例，未来也计划达到1：1。
为了提高高校资源利用率和竞争力，台湾教育部门提供数十亿元，鼓励高校整合。近年来，台湾不少大学出现跨校研究中心或数所高校成立大学系统,甚至出现中等学校并入大学的趋势。未来计划实行“学系学程双轨制”，高等院校可设立跨院系学程，独立招生，大学可跨校组成大学系统、研究中心，以推动校际整合。
