海协会先遣人员与海基会有关人员2008年11月1日上午在台北，就将于11月3日登场的两会台北会谈和陈云林会长率领的海协会协商代表团在台行程进行了磋商。当天下午，海基会董事长江丙坤、副董事长兼秘书长高孔廉举行记者会，公布了这份行程表。
海协会协商代表团在台主要行程如下：
11月3日（星期一）：上午，从北京机场出发赴台；中午，抵达桃园机场，随即转往下榻之圆山饭店；下午，陈云林拜会已故海基会董事长辜振甫夫人辜严倬云女士，两会副会长、副董事长进行相关协议预备性磋商；晚间，海基会举行欢迎晚宴。
11月4日（星期二）：上午，两会举行领导人会谈即第二次“陈江会谈”；下午，两会签署协议，随后海协会、海基会分别召开记者会；下午，陈云林会见台“陆委会主委”赖幸媛，海基会举行酒会；晚间，中国国民党荣誉主席连战宴请陈云林一行。
11月5日（星期三）：上午，两岸工商及航运座谈会、两岸金融座谈会分别举行；中午，亲民党主席宋楚瑜宴请陈云林一行；下午，陈云林一行参访新竹科学工业园区；晚间，中国国民党主席吴伯雄宴请陈云林一行。
11月6日（星期四）：上午，陈云林一行出席两岸互赠珍稀动植物记者会，大陆方面将宣布向台湾同胞赠送大熊猫和珍稀植物珙桐树，台湾方面将宣布回赠珍稀动物长鬃山羊和梅花鹿；中午，台湾工商界宴请陈云林一行；下午，活动待定；晚间，海协会举行答谢宴会。
