1日：岛内媒体报道，“中科院”秘密研发多年的“机场遥攻武器”，性能类似空射型巡航导弹的“万剑弹”，不久前在九鹏导弹基地试射成功。台军方人士称，该型导弹射程超过600公里，内含子母弹，可破坏机场跑道、导弹阵地，战时部署在 IDF、F16等战机上，能对大陆东南沿海军事基地进行有效反制。

1日-5日：台“国防部”实施2006年“军纪教育周”，区分5个教育单元对全军官、士、兵及聘雇人员进行教育，以有效降低违法、伤亡案件。

6日：东森电视台透露，为达到“决战境外”的战略构想，增加台湾防御纵深，台海军司令部已决定在东引岛配置岸射型“雄风二型”反舰导弹。一旦完成部署，可有效扼制大陆闽江口，台湾将占有制海军事优势。

10日：联勤南港弹药库编号B29库房内过期待报废的155弹发射药包发生自燃引发气爆，导致2名士兵死亡，4名士官兵遭不同程度烧灼伤。

12日：陆军司令部在龙潭营区举行“武装冲突法军官团巡回教育”，由“副参谋长”赵克达少将主持。

13日：陆军专科学校49周年校庆。

16日：台湾远程导弹监视雷达项目通过系统评审。

同日：“政战局长”吴达澎上将在“立法院”表示，面对中共的三战（“法律战、心理战、舆论战”），“政战局”区分三个阶段反制，以建构相关理论基础、执行反“三战”作为。

同日：“国防部后备司令部参谋长”李铭藤中将在“立法院”座谈会中表示，后备司令部未来将在全台设立10间“步枪射击模拟教室”。

17日：台湾军方人士透露，针对大陆持续发展海军军力建设，台军已制订了代号为“追风”的5年计划，在5年内批量生产130枚“雄风Ⅲ”型超音速反舰导弹。

20日：陈水扁公布“国家安全报告”，内容包括前言、台湾的新安全环境、“国家安全的内外在威胁”、“国家安全策略”及结语五大章，共155页。报告称，台湾将提升“国防预算”至GDP的3%，并将继续推动“精进案”，至2008年前将裁军10万。

23日：台湾媒体报道，美国国防部与相关“部会”今起将在华府负责军事战略研究的国防大学，邀集相关单位针对台湾海峡发生紧急事态进行联合兵棋推演，台湾“国防部”高层证实，台军已获邀派人参加，这是台军第一次赴美参与联合兵推。

同日：台湾向美采购的“基隆”号和“苏澳”号两艘“纪德级”舰组成的台海军第261战队成军，首任战队长由台湾原任“海军官校教育长”、“海军少将”汪能安接任。

25日-29日：台湾军方代表在华府与美国国防部官员举行会议，讨论向美国购买60架F-16C/DBlock52战机。

26日：政治作战学校在三军官兵活动中心举行“反三战新书发表会”，由政战学校校长欧复兴中将主持。“反三战”套书共有3本，分别为《中共对台心理战》（由政战学校敌情系马振坤副教授所撰）、《中共对台舆论战》（由淡江大学国际事务与战略研究所王昆义教授执笔）、《中共对台法律战》（由“中国科技大学”国际贸易系何秀珍博士所著）。

31日：有消息报道，台湾军方日前正在秘密研究水雷战，甚至期望潜至大陆沿海港口实施布雷作战，以图阻止解放军获得“制海权”，实现台军所谓“海上阻绝战略”。

同日：台军方透露，最近进驻桃园空军基地一批美制F16战机，这批Ｆ16挂载了最新的AIM120中程空空导弹。

6月

1日：“国防部”联合后勤司令部庆祝创制60周年。

同日：“金门防卫指挥部政战主任”原任“主任”郑瑞坚少将调任“国防大学政战主任”，遗缺由“国防部总政战局文教处长”陈世团少将接任。

2日：台湾媒体报道，多位台空军飞行员私下披露说，台军的“小牛B型”导弹早已陈旧不堪，射程竟然由原先的最短18公里“缩水”到只有9公里，甚至连一些普通的滑翔式航空炸弹都不如。

6日：台湾军方透露，为了进一步强化台军“反斩首”战力，台军将把目前部署在金门的第584装甲旅调回本岛，加入负责台岛北部地区防务的第6军团作战序列。

9日：“国防部副部长”柯承亨表示，因应战争型态的改变，在战斗支持与勤务支持中，女性官士兵比率将随之调增。

10日：据台媒报道，近日“总政战局长”胡镇埔与媒体茶叙时指出，面对大陆的心理战、舆论战、法律战“三战”的“软打击”，未来政战组织调整将强化作战区的心战部队与能源，深化专业能力，原本在“精实案”裁撤的心战部队，将在这波组织调整中重新恢复。

15日：2006年“万安29号”防空演习于该日起，将陆续在北、中、南、东及金门、马祖、澎湖地区举行。

16日：陆军官校创校82周年校庆。

同日：台“陆军司令”胡镇埔表示，台陆军将加速向“特战化”与“联战化”作转型发展。

17日：台空军737联队所属Ｆ-５Ｆ（编号5381）战机，在嘉义机场北方不远处失事，机上正驾驶周杰伟中校死亡、副驾驶夏文裕中尉受重伤。

20日：美国最新一期《国防新闻》周刊（Defense News）指出，台湾正在发展的中程弹道导弹，射程2000公里，可达北京，而生产计划是30枚。

26日：台军在三军军官俱乐部举行2006年下半年将官晋任暨授阶典礼。共计有邱国正少将等13人晋任中将，王天宇上校等45人晋任少将，2007年7月1日生效。

26日-30日：台军在“汉光22号”演习实兵验证阶段初期实施“精神战力教育”。

28日：台湾“海巡署”派出3艘新型二代巡防艇举行外海实弹射击，并首度采用20机炮。

29日：“国防大学”举办“2005年国防部委托研究成果发表会”。

30日：岛内媒体报道，一位网名为“外省帮副座”屈姓陆军仪队士兵，在网络发言“真想拿手上的枪往陈水扁的脑门子插下去”。