1日：“国防部情报次长”金乃杰中将调任空军作战指挥部（原为空军作战司令部，自3月1日起更名为作战指挥部）指挥官；曾任“国防部台北驻美代表处”军事协调组长王明义少将升任“国防部情报参谋次长”。

同日：黄国良少将接任“政战局副局长”。黄国良少将，政战学校二十一期、战争学院1986年班，拥有“中华科技大学”科技管理研究所及政治大学事业经营研究所双硕士学位，历任陆军109师主任、陆军总部眷服处处长、澎防部主任、总政治作战局眷服处处长、十军团政战主任、后备司令部政战副主任、福利总处总处长等职。

6日：香港媒体报道，陈水扁“终统”引发两岸关系紧张，台湾“国安”与军方高层已向陈水扁建议，由台湾中南部抽调三个战略师的编制护卫台北。

7日：台“国防部”首度公布目前大陆对台导弹部署现况，总计有6处主要阵地、784枚导弹。

13日：台湾“海岸巡防署”的300多艘舰艇的艇身英文名称，从“R.O.C. COAST GUARD”（“中华民国海岸巡防队”）改成“R.O.C. TAIWAN COAST GUARD”（“中华民国台湾海岸巡防队”）。

15日：“行政院会”通过“陆海空军惩罚法修正草案”，将在“军事法院”设置惩罚法庭。同时修法后将比照公务人员，改为“刑惩并行”，由惩罚法庭裁定后即执行惩罚，不必等待刑事侦审结果。

同日：“国防部长”李杰针对“终统”后大陆可能对台采取的行动向“立法院”作项目报告。

16日：联勤南港弹药整修所进行待报废三五火箭弹弹尾传爆药拆卸作业时，其中一枚的“弹尾管”碎片突然弹出，造成3位下士受伤。

同日：“国防部副部长”柯承亨表示，台军近年来已将“斩首行动”列为“汉光演习”演练项目之一；同时陆续往大台北地区增调陆战旅，并强化后备部队战力，目的均在防制大陆对台实施“斩首”行动。

同日：台湾军方发言人刘志坚表示，台湾当局考虑在台湾声称拥有主权的太平岛和东沙岛恢复派驻海军陆战队，但这不是既定的政策，而且没有时间表。

17日：“立法院国防委员会”针对“国防二法运作检讨与策进”，邀请“国防部副部长”柯承亨进行业务报告。柯承亨指出，“国防军事事务”目前在“国防部长”统合指挥军政、军令、军备下，总成负全责，另依“国防二法”规定，由陈水扁行使统帅权指挥军队，责成部长命令参谋总长办理一切军事事务，由此可看出“国防部”已贯彻“国防一元化”精神及“军队国家化”目标。

19日：“总统府”直接“国防部”下达命令，要求其拆除军营中所有蒋中正、蒋经国的铜像。

22日、23日：台湾南部地区2006年度“全民防卫动员演习”（即“万安29号”演习），在台南县网寮南营区举行。

27日、28日：金门地区2006年度“全民防卫动员演习”（即“万安29号”演习），在金防部鉴潭会议室举行。

28日：台向美采购的54辆AAV7两栖突击车在左营海军总部举行成军典礼。这54辆突击车，分别为AAVP7A1人员运输车48辆、AAVC7A1指挥车4辆及AAVR7A1救济车2辆。AAV7两栖突击车将取代服役超过30年的号称“水鸭子”的LVTP5两栖登陆车，将在台北林口与高屏地区部署各27辆。

29日：“国防部副部长”朱凯生上将在“立法院国防委员会”答询指出，外岛部署会根据两岸情势发展进行检讨与调整，若在大陆威胁排除前，撤除外岛驻军，这是“自废武功”。

同日：台“国防部”最新发布一项人事调动消息表示，“国防部”发言人刘志坚将被撤换，由“舰队司令部政战部主任”吴季方接任，而刘志坚将接替吴季芳担任“舰队司令部政战部主任”一职，4月4日起生效。

31日：“国防部长”李杰表示，台军正在考虑撤回部分驻守在东沙岛及太平岛上的海巡署兵力，重新派出海军陆战队进驻这两个岛屿。

4月

1日：台“军事情报局局长“彭胜竹中将接任“空军副参谋总长”，同时晋升空军二级上将。新任“空军副参谋总长”彭胜竹系空军官校1971年班毕业，美国战院1983年班，历任联队长、“侍卫长”、“空军官校校长”、“空军总部参谋长”、“军情局局长”等职。

4日：“三项重大军购案”第50次遭到“立法院程序委员会”封杀。

同日：台湾军方宣布，台军将修改“兵役法”，涉及数十万后备“士兵”的除役年限，将由现行的40岁除役，提前到35岁；未来台湾士兵教召时间将从2.5天，增加为3.5天，干部则维持不变。

10日-16日：由“国安会”主导、“行政院”参与的“玉山2号”政经兵棋推演展开，演练主要内容为“反斩首”，陈水扁亲自主持、全程参与，以测试“府”“院”、“国安”高层的决策指挥应变能力。“玉山2号”演习共分2个阶段、8种想定、170个状况，4月10日至14日属于第一阶段，演练项目包括“预备开设”、“紧急开设”和“紧急集合”等；15日、16日则进入准战争状况的第二阶段推演，内容包含“大陆对台海空封锁”、“伪钞攻台”、“马祖遭占”、“美日撤侨”、“内部暴动”、“美国调停”、“对中宣战”等7套剧本。

11日：“三项重大军购案”第51次在“立法院程序委员会”遭到封杀。

同日：台陆军第十军团所属一张姓士兵在休假期间，持玩具手枪抢劫台中县新社乡农会中兴岭分部160万元新台币后逃逸。

14日：台湾“福卫三号”卫星在美国加州范登堡空军基地发射。

15日：台空军2005年向美国购买的E2-K空中预警机，在屏东空军基地举行成军典礼。陈水扁阅兵时台军军旗突然折断。

18日：台“国防部”开放岛内媒体参观位于新竹湖口的台军装甲兵学校，并首次对外公开由“中科院”研发的号称是“亚洲唯一”的具备完整高阶连网架构(HLA)功能的组合型战车训练仿真器，并由台军主力坦克车CM11在媒体面前进行全武装演练。

22日：金门县政府召开县政发展研讨会，与会的前“行政院长”郝柏村、福建省主席颜忠诚等，吁吁金门为非军事区，由两岸军事对峙的第一线，变成两岸交流的第一线。

24日：“国防部”军事发言人室宣布，“汉光２２号”演习于本日起实施计算机兵棋推演。

同日：台湾军方高层透露，陆军装甲、机步与卫戍等9个战斗部队联兵旅及“首都”宪兵卫戍部队等重点部队，都将在本月底完成换装新式Ｔ91战斗步枪。

28日：台湾智库委托决策调查有限公司做的一项民调显示，约76.9%的台湾民众赞成由台美中三方会谈，讨论台湾海峡的和平稳定；52%的台湾民众觉得如果中国大陆对台动武，美国会出兵帮助台湾。