9月

　　1日，“国防部”军事发言人虞思祖少将表示，马英九指示，将减购15架黑鹰直升机，此经费用来采购救难直升机与相关装备，“国防部”受令后即积极与“内政部”协商，在“成本低”、“获得快”和“效益高”3点因素考虑下，尽速达成马指示提升救灾能力的要求。

　　2日，空军官校80周年校庆。

　　2日，“行政院长”刘兆玄颁奖表扬台军执行“8·8水灾”救灾任务有功的单位及个人。

　　3日，鉴于“莫拉克”台风重创南台湾，造成部份地区严重灾情及人员伤亡，“国防部”表示，已遵照马英九指示，将“灾害防救”列为台军的中心任务之一，未来台军在台风季节期间，将5个作战区做好分配与规划，将可能造成灾害的地区依作战区划分，主动将机具、人力投入需要救援的地方，让救灾的时间可以缩短，让灾民痛苦煎熬的时间可以减少。

　　7日，针对媒体刊载“直升机会计学”一事，“国防部”军事发言人室特别指出，台军统一采购60架黑鹰直升机，其中15架移拨“内政部”使用，系考虑“成本低”、“获得快”及“效益高”等因素，可以强化“政府”救灾功能，发挥整体资源的最大效益。

　　10日，“行政院”暨所属各主管机关卸、新任首长联合交接典礼在“行政院”大礼堂举行，其中包括新任“国防部长”高华柱与前任“国防部长”陈肇敏进行交接。

　　18日，台军方媒体披露，近年来马祖地区开放观光，“马防部”为避免旅客及马祖民众误闯军事禁地，造成危安及军民纠纷事件，指示所属单位查明土地归属，并检整、制作“军事管制区”告示牌。

　　21日，海军司令高广圻上将在海军司令部政战主任孙宜成中将等人陪同下，视导海军舰队指挥部所属一九二舰队、一五一舰队、一二四舰队及陆战队指挥部战备现况。

　　23日，为使台湾民众了解台军军事新闻传布运用“卫星传送”的新领域，“国防部”军事新闻通讯社在“国防部”记者会中，首度对外公开建置完成的“新闻卫星传送系统”，并说明将在今年“纪念古宁头六十周年”系列活动中，将实时传输活动画面，已达信息共享目的，也代表台军在未来提供的军闻服务，将不受时空限制，可实时提供最权威、准确的“国防政策”信息。

　　24日，由“国防部”军备局生产制造中心第二○四厂研发的“新型炊爨车”，在“国防部”举办的媒体参访中，首度公开亮相。

　　25日，“2009年台北国际发明暨技术交易展”在台北世贸中心一馆举行。“国防部”规划有“智慧生活”、“绿色能源”、“医疗保健”等3大主题，由军备局中科院、军备局生产制造中心、“国防医学院”及“国防大学理工学院”等4个单位，展出54项展品及134四项专利技术。

　　28日，“国防部”军事发言人室表示，“总统府”前“侍卫长”陈添胜中将于2009年9月25日卸任同时，已调任“国防部”“部长办公室”中将参事。另“陆军司令部”中将“参谋长”由陆军步兵训练指挥部暨步校中将指挥官兼校长朱玉书中将调任；“海军陆战队指挥部”中将指挥官由海军陆战队指挥部副指挥官夏复华少将调任。上述两项重要军职人事调整均于2009年10月1日生效。

　　29日，针对媒体报导“马上台一年情治监听有增无减”一事，“国防部”表示，“军情局”执行两岸跨境情报通讯监察作业，是依“通信保障及监察法”及“国家情报工作法”所建立的相关机制进行。

　　30日，“国防部”军事发言人室表示，台军2009年10月1日核定将级重要军职人事调整如下：陆军马防部中将指挥官职缺，由陆军第十军团指挥部副指挥官罗际琴少将调任；陆军第十军团指挥部中将副指挥官职缺，由陆军炮训部暨飞弹炮兵学校指挥官兼校长锺邦新中将调任。陆军炮训部暨飞弹炮兵学校中将指挥官兼校长职缺，由陆军司令部人事军务处处长汤家坤少将调任；陆军步训部暨步兵学校中将指挥官兼校长职缺，由陆军专科学校校长潘家宇少将调任。

　　30日，“国防部长”高华柱率领各业务主管，前往“立法院外交及国防委员会”进行业务报告，报告区分“台军‘8·8水灾’救灾经过概述与策进作为”、“两岸互动与军事形势”及“战力整建”等3个面向，阐述台军未来“国防施政”方针。