140多年风梳雨润，船政天后宫几经拆建，历尽沧桑。抗日战争前后，宫中文物流失严重；1958年“大跃进”时，铜钟和铁鼎散失；1971年11月，整座天后宫被拆除，它的生机直到改革开放后才得以复苏。随着人们对妈祖文化和船政文化认识的不断升化，复建船政天后宫被提上议事日程，2006年10月，复建工程在原址上动工，复建后的船政天后宫成为当今世界上唯一全木结构的天后宫，其建筑总面积1500平方米，较之原建筑扩大了近1/3，建筑的整体布局为一轴二进二院，一进是门楼，下中庭为戏台，上中庭为拜阁；二进为中堂大殿，大殿金碧辉煌，供奉妈祖、陈靖姑及柳七娘三尊神像。上下中庭、大殿、魁心阁的梁、柱全部采用进口菠萝格木，雕花部分为香樟木，妈祖神像采用福州传统脱胎漆器工艺，以千年不褪的矿物彩进行彩绘，手工按金光泽度足可与镀金媲美。整座建筑富丽典重，布局纵横有序，堪称展现妈祖文化和船政历史文化的经典之作。
船政天后宫复建后，与台湾地区的妈祖宫庙开展了多次较有影响力的交流活动。2009年4月18日，船政天后宫举行开光及祭祀大典，台湾多位著名的宗教界人士前来参加；2010年3月13日，“船政天后宫恭迎马祖境天后宫妈祖金身銮驾暨平安会香祈福活动”举行，这是自2001年“两马协议”签署后在民俗信仰平台上的首次交流，马尾、马祖两地的妈祖信众1000余人参加活动；2010年10月15日，包括船政天后宫在内的来自湄洲妈祖祖庙和连江妈祖文化研究会的成员共117人，搭乘“两马”航线直航马祖，参加台湾马祖南竿马祖境天后宫举办的纪念妈祖“羽化升天”1023周年系列活动。
随着两岸“三通”的实现，马尾已成为两岸人员交往的重要中转地，而船政天后宫则成为船政文化旅游的标志性载体，已吸引越来越多的台湾妈祖信众、船政后裔前来探亲寻根、朝圣观光，大大增进了民族认同感。(记者 林娟 陈梦婕)
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