吴国祯的父亲是小职员，在他上小学四年级时，全家从花莲搬到了台北。他先后就读于建国中学、新竹清华大学等名校，“当时家人对我的选择不是很理解”。
“刚到北京时，生活比较苦，冬天老吃大白菜。”后来，吴国祯跟一位北京姑娘结婚，并有了个可爱的女儿，“女儿小时候曾说，‘爸爸真可怜，都没有亲戚’”，这句话听起来令人心酸。到1987年台湾开放民众到大陆探亲，女儿才见到了“爸爸的亲戚”，而那时，她的奶奶已经过世。
1995年，吴国祯调往清华大学。在从事物理研究和教学工作之余，他还曾任台湾同学会会长、中华全国台湾同胞联谊会副会长等职，为两岸的交流尽心尽力。
已在大陆生活了三十几年的吴国祯忆起年轻时爬玉山的经历仍难掩激动，“当时的路不好走，登玉山需要向导，没雾时甚至可以望到太平洋和台湾海峡”。那时，玉山之巅还立着一座于右任的铜像，并刻有那首知名的《望大陆》：“葬我于高山之上兮，望我大陆……”“当然，现在已经看不到了”。
吴国祯一直支持用和平的方式解决两岸问题，“现在这种‘先经后政’、和平的解决方式很不错”。
主张和平，是因为他曾体验过战争的残酷。1970年，大学刚毕业的吴国祯曾在金门服兵役，“好莱坞电影中的战争好像很好玩。但当炮弹向你飞来时，炮声是很凄惨的，这种声音我现在还记得。”当时，大陆象征性地向金门空地上投放炸弹，“但有时会打偏。炮弹炸开时会撒下很多《毛主席语录》，当然必须上交，私藏会被军法处治。”
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