第二个阶段从2000年5月到2008年5月约8年的时间。这个时期，由于公开主张“台独”的民进党上台执政，台湾内部“国家认同”矛盾、族群矛盾与蓝绿矛盾空前激化，两岸关系陷入空前不确定的动荡之中。民进党当局负责人陈水扁玩弄两面派手法，一面宣称“四不一没有”、“建立两岸和平稳定互动架构”，一面又大肆鼓吹“两岸一边一国”，积极推动“公投正名制宪”暨“法理独立”，使两岸政治互信的基础荡然无存，祖国大陆不得不制订《反分裂国家法》以为因应，两岸关系处于战争的边缘。在这种情况下，两岸两会的正常交往互动自然无从谈起。但基于维护两岸同胞的正当权益和血浓于水的民族情感，即使在两岸关系最恶化的时期，海协会也始终没有停止与台有关方面的联系与合作，相互协助处理两岸同胞交往中出现的各种问题与突发事件；没有停止与台湾主张发展两岸关系、反对“台独”的各党派、团体和各界人士的联系与交往。每当台湾遭受重大自然灾害，台湾同胞蒙受重大生命财产损失，海协都会及时致函海基会转达大陆方面的关切慰问并适时伸出援手。2005年台湾泛蓝三党领导人相继访问大陆，分别与中共达成和平发展愿景，为陷入僵局的两岸关系打开一条通路，两岸民间各项交流再度活跃，海协会的地位与作用也重新凸显。
第三个阶段从2008年5月至今约3年半的时间。这个阶段，由于民进党下台，反对“台独”、认同“九二共识”的国民党重新上台执政，台湾局势发生积极变化，两岸关系发展呈现良好势头，两岸两会迅速恢复了制度性的协商互动，相继举行了7次“陈江会”，签署了16项协议并达成2项共识，举行了2次两岸经济合作委员会、1次协议成效与检讨会议。这些协商互动的成果，务实解决了两岸同胞关切的旅游、通航、通邮、投资、金融、食品安全、司法互助、渔船船员劳务合作、农产品检疫检验、标准计量检验认证、两岸经济合作框架、知识产权保护、医药卫生合作、核电安全合作等多领域、多方面的问题，不仅实现了两岸同胞热切期盼的大三通，极大地满足了两岸民众进行全方位交流交往合作、增进了解理解谅解、促进和平发展双赢的需要，而且帮助台湾有效抵御了全球金融风暴的侵袭，创下台20年来最高经济增长速度，尤其《两岸经济合作框架协议》的签署，推动两岸经济联系走上正常化、制度化、机制化发展的轨道，两岸关系由此出现了自1949年隔海对峙以来空前的大交流大合作大突破。随着两岸交流、协商事务的大幅增加，海协会的工作量也成倍增长。据台海基会统计，自2008年5月到今年10月31日，海协会发往海基会的函件数成长154倍，协商处理台商经贸纠纷类案件成长4.62倍。显然，这3年半来的两岸关系发展超过了之前的60年，这3年半来海协会的工作量，则超过了之前17年的总和。
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