第一步跨出后，许多问题接踵而至。
刚开始需要 “一船一团”报批，非常折腾，而客源光靠金门同胞数量远远不够。直到2001年春节期间，台湾海基会和 “陆委会”在金门召开大陆台商会长会议，有会长提出希望让台商走“小三通”，“陆委会”在会议结束前一天突然答应，最后，一条大大的船载了13个人，口岸和船上的服务人员比乘客还多，但大家都很高兴，因为这是突破。此后一发不可收拾，2002年由一周一来回调整为两个来回，后来又扩大到四天。
2003年厦金 “小三通”因“非典”停航了两个多月。“拖到7月份‘陆委会’同意复航，我们觉得这是推动‘小三通’常态化、制度化的机会。”黄呈建说，那时两岸增加了一周一次的 “排班会”，“两岸定点航班的雏形已经出来了”。
2003年春运期间，为满足台商返乡要求，航班增加到每周六天，到了4月份扩大到七天。
尽量满足厦金通航的种种需求
“当时国台办主任陈云林引用了雷锋的话，明确要求我们，接待金门乡亲要像‘春天般的温暖，夏天般的热情’。”黄呈建告诉导报记者，为体现礼仪两岸必须走正规通道，“首航前一天金门有热心的乡亲要策划这件事，说准备开船过来停靠在台轮停泊点，但是那里是接待台湾渔船的，不正规，我们坚持要走和平码头”。
黄呈建说：“我们坚持平等互利双向直接，刚开始为了方便台胞，航班有没有乘客都开，轮船公司也没有怨言。后来变成周一三五日，也是方便台商周一能来上班，金门乡亲周五来观光购物，周日就能回去。”即便是在“非典”停航期间，“金门需要口罩我们就给，要多少我们给多少，当然，他们也向我们提供了蚊香。”
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