2011年,卡扎菲遭国内反对派和美国等西方国家推翻并于当年10月死亡。11月,赛义夫试图逃亡到邻国尼日尔时被民兵组织抓获,羁押在首都黎波里西南约150公里的津坦。他被指控在2011年利比亚内战期间迫害和谋杀抗议者。位于荷兰海牙的国际刑事法院也指控赛义夫犯反人类罪。国际刑事法院与利比亚方面曾就该由谁来审判赛义夫发生争执。
2015年7月,位于的黎波里的利比亚上诉法院对30多名卡扎菲政权高官作出判决,赛义夫被判死刑。他当时并未出席法庭审判,而是通过视频连线在津坦听取判决。当时已被迫迁往东部的利比亚临时政府认为该判决非法,是法官在受胁迫下作出的判决。
卡扎菲共有七子一女,他的三个儿子死于利比亚内战。他的三子萨阿迪·卡扎菲是足球运动员,在利比亚受到谋杀一名前足球教练的罪名指控,目前仍在受审。
2011年以来,卡扎菲的遗孀索菲亚和他们的另外3名子女先后在利比亚邻国阿尔及利亚和海湾国家阿曼避难。
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