由于最低点位置比所在路段下游河道还低，下沉路段的排水成了大难题。“道路积水基本当天就可以迅速排除，快点几个小时就能排完，但桥区积水很不好排，要先用水泵抽上来，再排出去，而且抽的同时，积水还在涨。”王瑞强说。
遇上大暴雨，整条路上的积水都以立交桥下沉点为中心，“抽不及，四处的水像江河一样涌过来。”王瑞强介绍，水泵的出水口被放置在辅路上的下水井盖处，“很多下水管道被淤泥和垃圾阻塞，尤其是排水量特别大、压强迅速升高的情况下，沉积物更多，塞得更死，很难疏通。”于是，排水工人们不得不频繁更换出水口，边排水，边清淤。
如果按照50毫米/小时的降雨量计算，永定门桥路段的降雨总量应该在5000立方米左右，桥下积水大概是100米长、50米宽、1.5米深，立交桥泵站的实际抽水能力为4立方米/秒。“从理论上说，半小时应该能抽完。”王瑞强计算。
但7月21日那天，排除积水用了近3个小时。“路桥周围都是硬化道路，绿化带渗水能力有限，除了路段积水外，立交桥附近区块形成很多径流，都往桥下走，积水量完全超出我们预料。”另外，泵站抽水能力不足，排水管网阻塞等原因也使排水效率再次降低。“抽出来，排不走，再次形成积水。”
“十几年前，就有专家提醒说，下沉路段要建立截水设施，或者建排水渠和蓄水池，防止积水。”曾参与北京排水系统的设计及建设工作的邱元，对1998年的一次研讨会记忆犹新，“当年全国洪水泛滥，有专家提出，如果北京大量降雨，下沉路段排水就是最大隐患。”
当时，曾有专家绘制了排水设施规划图，并计算出了预算资金。“全北京的下沉路段都算上，最少也要几千万。”然而，此事不了了之。
“关键还是大家都抱有侥幸心理，想着北京降水量一直不大，不至于为了偶然性事件投资太多。”邱元看到了微博上网友绘制的“北京积水图”，“几乎与十几年前的专家规划图一模一样。”
