再入大气层阶段——飞船返回舱穿越大气层，到达距离地面80至90公里高度时，因高速剧烈摩擦，在飞船表面形成高温等离子气体层，并对电磁波造成屏蔽形成“黑障”，飞船与地面失去联系大约240秒左右。直到距离地球约40公里处，“黑障”才会消失，地面测控部门重新捕获飞船。
着陆阶段——当返回舱距离地球约10公里时，伞舱盖打开，并连续弹开引导伞、减速伞和主降落伞。距离地面5.8公里时，飞船返回舱会抛掉防热大底，由倾斜吊挂姿态转为垂直吊挂姿态。在距离地面1.2米时，4台反推发动机点火，使飞船以每秒1至2米的速度着陆。
全程高科技
返航：“三把锁”精准断开各舱段
连接分离机构就像神舟飞船的臂膀，有力地连接起了飞船的三舱。“我们研制的连接分离机构由‘三把锁’组成，分别在飞船轨道舱和返回舱之间、返回舱和推进舱之间、返回舱防热大底和舱体之间。”连接分离机构研制主管设计师王智健透露，“我们必须保证这‘三把锁’能及时准确脱开，同时时间还要分秒不差，否则后续动作无从谈起。”
轨道舱和返回舱之间的一号锁，是保证航天员顺利返回地球的第一道安全保障；返回舱和推进舱之间的二号锁，是保证返回舱进入大气层后在预定时间预定地点着陆的首要设备；飞船着陆前，返回舱防热大底和舱体之间的三号锁也叫抛底锁启动工作，它关系到防热大底能否按时抛掉、降落伞能否正常打开。
当神九飞船准备返航时，一号锁就要准确地打开，推掉轨道舱，让推进舱和返回舱组合体踏上回家之路。
