《联合晚报》称，陈水扁再度被起诉，也是民进党长期以来担心的事，不知有多少颗未爆弹会让陈水扁再度波及民进党。民进党始终选择站在“司法人权”上声援陈水扁，但迟迟不对其功过定调，等于是将自己和炸弹绑在一起，最后结果可能压垮民进党。
加重刑罚最重可判7年半
此案特侦组起诉书共3册、1221页、120多万字，创下纪录。
据《中国时报》报道，扁一开始向特侦组检察官说，侵占隐匿机密公文是因为看完后由幕僚处理，自己不知情，后改口说是为了写回忆录、口述历史。
但特侦组侦办扁案过程中发现，扁对与李登辉有关的弊案资料情有独钟，都亲自带回住处藏匿。扁也不讳言地说：“为避免被李登辉误会我在恐吓他，所以才会保存这些资料。”
特侦组因此认为，扁把侵占的公文内容透过媒体公之于世，借此转移舆论焦点，其目的绝非仅是撰写回忆录，更有搜集政治人物不利事证及应付自身弊案的诉讼攻防考量。
检察官指出，扁触犯侵占公物、隐匿公务员职掌文书及“机密保护法”等3项罪名，建请法院依刑度最重的隐匿公务员职掌文书罪论处，该罪本刑为5年以下，但因扁以公务员身份触犯应加重刑罚，因此最重可处7年6个月徒刑。
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