国民党“立委”质疑，民进党执政时代弄了个生技新药产业发展条例，大家都以为是让蔡英文规避掉旋转门限制，但其实可不受限制的是研究人员，并没有豁免掉蔡英文，蔡英文仍有违反旋转门条款之虞。
“蓝委”也质疑“经建会”提供的资料显示，蔡英文在2007年8月31日先致函“国发基金”要求在9月3日前拨款4000万元(新台币，下同)至“台懋蛋白科技股份有限公司筹备处”户头；同一天，竟二度来函表示公司更名为“宇昌生技股份有限公司”，并要求“国发基金”在9月3日前拨款4000万元至“宇昌生技股份有限公司筹备处”户头。
另外，国民党“立委”邱毅仍质疑，宇昌生技是何时向“国发基金”申请投资？为何是由当时的“经建会主委”何美玥跳过四阶段的审议程序，让当时的“行政院长”苏贞昌专案核准？
为了要追查宇昌生技案有无违法，“立委”丁守中提案成立专案调阅小组进行调查，邱毅也建议，是不是应该考虑将全案移送“监察院”、检调进行调查，“经委会”最后作成决议，要求“经建会”针对“国发基金”投资宇昌生技公司与台懋生技创投公司案，相关资料（含极机密资料）依法定程序解密后，送“经济委员会”。
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