演习表明，不对国防部和军兵种司令部进行配套改革，在顶层实行真正的军政军令分开，跨军兵种联合司令部指挥体制难以有效运行。此外，地区司令部是叠加在军区之上的重复指挥机构，存在职责不清等问题。另外，作战指挥权集中于地区司令部和职能司令部，自然遭到失去作战指挥权的军兵种部队的强烈抵制。2009年，地区司令部运行中止。
第三阶段是探索成立联合战略司令部阶段。实际上，新4大军区组建前的原6大军区就扮演着地区司令部的角色，具有对辖区内各军兵种部队组成的联合部队实施统一指挥的职能。至于使用“地区司令部”还是“军区”的名称问题，俄军则认为并不十分重要，最重要的是，最高统帅部和军区之间不要出现中间指挥环节，且必须确保军区对各军兵种部队的直接指挥。
2009年，俄军举行了“秋季-2009”大规模军事演习。演习表明，军区制对俄罗斯西部和南部地区的战略任务要求有不相适应之处。俄罗斯决心对军区辖区进行调整，按战略方向组建目前的4大军区及联合战略司令部，这是俄罗斯对新的地缘战略态势、新对手、新威胁有了新认识的结果，与《2009～2011年俄罗斯军事改革规划》和《2020年前俄罗斯联邦国家安全战略》中阐述的总体国家安全构想保持一致。
联合战略司令部实质上是跨军兵种军事集群的联合指挥机构，本战略方向上军区辖区内的陆军、海军舰队、空军、防空兵甚至地方强力部门和机构都归其统一指挥。战略火箭兵和航天兵仍直属总参谋部指挥，反映出俄罗斯坚持战略遏制的国家安全指导思想。
俄军最初计划将新军区直接命名为“联合战略司令部”。经过权衡，决定暂时保留和平时期使用的军事术语——“军区”，当出现军事威胁时再更名为“联合战略司令部”。为体现目前处于过渡时期的性质，现在使用“军区（联合战略司令部）”这种叫法。
