新政府面临诸多内政外交考验
除了与军方的权力博弈，埃及的新统治者还将面对一些严峻问题。
首先是平衡各方力量组建新政府。穆尔西一直声称要组建一个“多元化的、以技术专家型官员为主的新政府”。目前已经确定的是，埃及武装部队最高委员会主席坦塔维将继续出任国防部长，副总统将可能由女性或基督徒出任。其他一些职位还将根据军方、宗教势力、革命力量以及少数派的势力进行划分，这将充分考验穆尔西的政治智慧。假如稍有不慎，失去任何一方的支持，都将令新政府举步维艰。
其次是如何稳固并争取更多民众支持。在不久前结束的大选中，穆尔西获得的支持率刚刚超过半数，仅比另一位候选人沙菲克多出2%，由此可见国内民众政治对立之严重。穆尔西要施展自己的政治抱负，需在巩固自身支持率的同时，拉拢和争取原先不信任他的选民。要做到这一点，穆尔西需要尽快让民众见到其执政带来的变化。据《金字塔报》报道，埃及民众已经自发建立起一个名为“人民观察总统”的网站，监督穆尔西每一项承诺的落实情况。
在国内处境艰难的同时，新政府在外交领域面临的问题也难言轻松。如何处理与沙特、伊朗和以色列等区域内国家以及美国等大国的关系，将成为新政府未来面临的挑战。
据埃及中东通讯社报道，穆尔西定于11日对沙特进行国事访问，这是他上任后的首次出访。“阿拉伯人在线”网站就此分析认为，穆尔西将沙特作为首访国家，意在维持与沙特的良好关系，争取阿拉伯世界更为广泛的支持。因为沙特作为海湾地区以及整个中东影响力最大的国家之一，对阿拉伯世界未来发展有着重要影响。穆尔西上台后，能否继续维持两国在穆巴拉克时代的良好关系，对埃及新政府来说显得尤为重要。关于本次沙特之行，穆尔西曾表示不会“输出”革命，力图打消沙特方面的疑虑。
如何处理与以色列和伊朗的关系也需要埃及新政府做出审慎判断。虽然穆尔西曾表示将维持前政府签订的国际协议，但以色列对于埃及新政府能否遵守《埃以和平条约》持观望态度。能否继续维持两国间的和平现状，是以色列以及西方国家非常关注的问题。另一方面，伊朗目前也有意强化与伊斯兰掌权势力的联系，因此埃及也成为伊朗在中东地区寻求合作的优先选择。伊朗总统内贾德就公开邀请穆尔西前往德黑兰参加不结盟运动会议。面对伊朗的示好，外界密切关注穆尔西在伊朗和西方国家之间的权衡取舍。
据报道，美国副国务卿伯恩斯8日到访埃及，同穆尔西举行会谈并向他转交了美国总统奥巴马的信件，奥巴马在信中邀请穆尔西9月访问美国。此外，美国国务卿希拉里·克林顿也计划于本月14日访问埃及。埃及是美国在中东地区的重要盟友，同时美国也是埃及最大的援助国，因此与美国的关系是埃及外交政策中的重中之重。
“中东在线”评论认为，穆尔西当选总统对埃及、西亚北非地区以及伊斯兰世界与西方国家关系都具有深远影响。西亚北非地区经历了长期的世俗威权统治后，正在经历一个宗教与世俗政治并行的新时期。《今日埃及人报》的评论认为，由于美国等西方国家长期以来对伊斯兰势力参政存有偏见，导致美国对穆兄会一直存有疑虑。不过，随着双方的接触增多，西方对伊斯兰势力也趋于接受。如果埃及同美国的关系能够顺利度过考验期，势必将改变伊斯兰力量在西方世界的形象。
