“由隐名投资引发的经营权纠纷已不仅仅是经济问题了，不少刑事案件都是因此而起的。”叶春荣如此形容台商通过大陆代理人进行隐名投资的风险，“如果投资成功的话，台商怕代理投资人搞怪；如果失败的话，代理投资人又怕台商跑路。不管成功或失败，都会出事。”
东莞市台湾事务局副局长陈锡辉认为，有少数台商是主动“隐名投资”，目的是规避大陆法律对台胞的投资领域和投资形式的限制。然而，在这种投资形式下，实际出资人与公司显名股东不一致，给甄别台资并实施鼓励政策增加了难度，更糟糕的是，埋下了较多的纠纷隐患。
在广东各地的司法实践中，台商隐名开办个体工商户和个人独资企业引发的纠纷主要有两类：一是隐名投资人与显名投资人之间的纠纷。台商作为隐名投资人投资时，一般都会与显名投资人签订合伙合同或委托合同，就双方权利义务作出约定。当双方就投资收益分配或投资款返还发生争议时，作为隐名投资人的台商往往会诉诸法院，要求显名投资人履行约定的合同义务。然而，司法实践中，该类合同通常得不到法院认可。二是个体工商户或个人独资企业与第三人之间的纠纷。台商以大陆居民名义开办个体工商户或个人独资企业与他人发生债务纠纷时，台商是否承担责任成为司法实践中的难题。
此外，台商隐名在大陆与他人合伙经营或开办合伙企业发生纠纷后，台商要求司法确认其为合法的合伙人或要求合伙人返还投资款。还有借款合同纠纷、隐名投资人要求返还投资款纠纷、确认合法股东身份，获得与显名股东一样的地位和权益等纠纷。
江凌表示，由于大陆法律对隐名投资并未有明确的规定，当台商发生隐名投资纠纷时，其权益往往难以得到保障。
台商希望完善法律法规
在广州、深圳、东莞三地的台商建议，从立法层面扩大台湾居民在大陆投资的形式，借鉴国家工商行政管理总局制定的《港澳居民在内地申办个体工商户登记管理工作的若干意见》的做法，允许台湾居民在大陆申办个体工商户，无需经过主管部门审批，但对其经营范围要进行限制。
